Essay■　2_197　LUCA 6：OD1
Letter■　放散・ラテン語
Words ■　オリンピック直後から涼しくなりました　

（2021.08.12）
　LUCAの候補として、最近発見されたCPRというグループが有力であることがわかってきました。CPRは種類も多く、中でもOD1というグルークが、LUCAに近いことがわかってきました。

Essay■　2_197　LUCA 6：OD1

　CPRを調べて分類する試みがなされています。ただし、CPRは、種の培養が困難なので、充分なゲノム解析ができません。一部ですが、シングルセルゲノム解析といって、単一の細胞、あるいはごく少数の細胞から、ゲノム解析する方法も開発されてきました。しかし、多くはまだゲノム解析はできず、メタゲノムミックスでの解析（ゲノムビニング、メタゲノム分別などとも呼ばれている）の状態です。
　Yellowstoneのある池ので、CPRのメタゲノムミックスのデータから、系統解析がなされました。12の系統群（candidate division）に区分され、それらはOP1〜OP12と命名され、OP11はさらに5つに細分されました。OP11のうちのひとつ、OP11-Derived 1（OP11から由来した1番目ものをOD1と呼ぶ）のゲノム解析がなされました。OD1は、Parcubacteria（つましいバクテリア）と命名されました。
　OOD1の特徴を、佐藤ほか（2019）の報告にもどついて、まとめておきます。多くは、CPR全体にも通じる特徴でもあります。
　まず、ゲノムサイズが小さいことです。CPRはもともと小さい（100万塩基対,のですが、44.5万塩基対しかありません。塩基対の英語が、base pairなので、塩基対の数をbpを単位として表します。44.5万塩基対は445 kbpとなります。
　次の特徴は、膜や自己複製のための遺伝子はあるのですが、代謝の遺伝子はもちません。これは、共生を前提とし生きていることになります。ただし、この試料では、微生物の集合（叢　そう　といいます）のうち、70%以上をODが占めていたので、単純な共生関係では数のバランスがとれません。
　3つ目は、高アルカリや超還元などの過酷な極限環境になるほど、OD1の割合が大きくなります。
　4つ目は、真正細菌と古細菌の両方の特徴をもっています。つまり、両者の共通祖先に近いのではないかと考えられます。
　これらの特徴のうち、上の2つは、他のCPRにも共通していますが、下の2つはOD1固有のものです。特に最後の特徴は、生物の誕生、LUCAの追求には重要な生物群であることを示しています。
　また、OD1 の生息に必要な条件として、無酸素の超還元の環境で、栄養塩の供給をどうしているのか、物質循環の駆動力は何なのかなどを解明していく必要があります。
　さて、なぜ、ここでOD1を取り上げ詳しく紹介したかというと、日本でもOD1が見つかっており、その重要性が報告されています。それは佐藤ほか（2019）の報告にあるのですが、次回としましょう。

Letter■　放散・ラテン語

・放散・
CPRの中のradiationは、このシリーズでも紹介してきたように
「放射線」という意味があります。
しかしCPRでは、「放散」という意味で使われています。
今回のOD1の報告からCPRの名称を見つけたので、
radiationを放射線という意味で捉えていました。
それでは意味が通じないので、
放散という意味だと判断しました。
ところが、このCPRは、次回から紹介していきますが、
放射線（radiation）と関係がでてきます。
不思議なめぐり合わせですね。

・ラテン語・
生物の分類名にはラテン語が用いられます。
ラテン語は、現在は使われてはいない言語なのですが、
ヨーロッパでは学術的な記載は
ラテン語でなされていた時代ありました。
その名残が生物分類には残っています。
生物の分類をおこなう研究者はラテン語が必要になります。
さて、Parcubacteriaのparcuは
ラテン語のparcusで
「質素な、つつつましい、節約した」
などの意味があります。
この名の由来は、遺伝子の数が非常に少ないため
つけられたのでしょうね。